أنشئت الكلية في عام 1993م لربط العلوم بأصولها الإسلامية، ولتخريج طلاب مؤهلين بالعلم والإيمان، ومزودين بوسائل البحث المختلفة، لتطبيق الدراسات النظرية التي يتلقونها في مجالات: الكيمياء، العلوم الرياضية، الأحياء والفيزياء. ومن ثم القيام بالمهام الدعوية المرتبطة بالمناهج العلمية، التي تؤدي إلى إعداد المسلم الصحيح القادر على تكييف نفسه في مجتمعه.
تطورت الكلية وخلال هذه الفترة اكتملت البنيات الأساسية للكلية من معامل وقاعات دراسية، وهيئة تدريس. فكان لابد من استغلال هذه الإمكانات في التوسع الرأسي للكلية، بتقديم مقترح ترفيع برنامج البكالوريوس العام إلى بكالوريوس الشرف (خمس سنوات)، والذي يتمّ بإضافة عدد من المقررات الجديدة، وتعديل في محتوى بعض المقررات القديمة، وإعادة توزيع المقررات على عشرة فصول دراسية، وكذلك إضافة مقررات تطبيقية في السنة الأخيرة.
أيضاً في مجال التطور الرأسي للكلية، تقدم الكلية برامج الدبلوم العالي والماجستير بالمقررات والبحث التكميلي، والدكتوراه بالبحث في جميع أقسام الكلية.
الريادة في العلوم الأساسية وتطبيقاتها للمساهمة في بناء المعرفة.
تقديم برامج دراسية ومشاريع بحثية لتأهيل كفاءات تُسهم في إثراء المعرفة وتطوير المجتمعات المستهدفة.
تضم الكلية الأقسام التالية: