منذ نشأتها التاريخية تتميز الجامعة بأنها مؤسسة علمية عالمية مستقلة ذات طبيعة خاصة في رسالتها وأهدافها، وهي مؤسسة إسلامية تختار التوسط في منهجها والاعتدال في برامجها، ترتبط بالسودان عبر اتفاقية مقر توفر للجامعة مساحة واسعة من الاستقلال وحرية البحث العلمي؛ حيث تتمتع بجميع الامتيازات والإعفاءات والحصانات الممنوحة للمنظمات الدولية تمكيناً لها لأداء رسالتها على الوجه الأكمل. إن اتخاذ الجامعة من السودان المنبسط المتسامح مقراً رئيساً لنشاطها الدعوي لهو توفيق من الله عزّ وجلّ؛ فهو بحكم موقعه الجغرافي، وتاريخه الثقافي يمثل بوتقة تنصهر فيها إفريقيا الناهلة من نبع الإسلام الصافي؛ إذ كما ظلَّ السودان ممراً تاريخياً لقوافل الحجيج المتشوقة للنزول بأرض الحرمين، فقد احتضن السودان كذلك وفوداً لا تنقطع من طلاب العلم من أقطار إفريقيا المحيطة به، وتلك البعيدة لتكون الجامعة امتداداً طبيعياً لذلك الإرث الإنساني الفريد.
يمكن اختصار رسالة الجامعة في كلمة واحدة هي (الدعوة)؛ وبما أنها مؤسسة علمية ذات شخصية اعتبارية فإن نشر الدعوة الإسلامية عبر العمل الأكاديمي هو رسالتها المركزية، وذلك بتخريج دعاة مؤمنين بعقيدتهم الإسلامية حق الإيمان، ممتلكين لناصية المهارات الدعوية اللازمة، مبدعين في مجالات تخصصاتهم العلمية والأكاديمية، محصنين ضد كل محاولات الاستمالة التغريبية في دولهم، فاعلين في نشر الدعوة، والتبش<u>ير بها، والدفاع عنها.</u>
رؤية تتمثل في كلمة واحدة أيضاً وهي (التميز)، وذلك عبر تخريج الطلاب غير السودانيين ليصبحوا باحثين، وأساتذة مؤهلين علمياً في مختلف ضروب المعرفة، يساهمون عبر التدريس في تنشئة أجيال متميزة من خريجي المدارس والجامعات في دولهم، ويقدمون عبر العمل المهني المتقن والاحترافي خدمات اجتماعية تجسد القدوة والأسوة الحسنة، ويبتدرون عبر النشاط البحثي مشروعات تستهدف توطين الحلول لمشكلات إفريقيا المزمنة على مختلف الأصعدة التعليمية، والاجتماعية، والاقتصادية، والثقافية، والصحية، وغيرها. أهداف الجامعة: